清同治十三年(1874年)， 林白水出生于闽侯县青口乡青圈村的一个书香门第。自幼受到良好的中国传统文化的家庭教育，后又拜名士高啸桐为师，承受了他的维新思想和渊博知识。
光绪二十四年(1898年)年底，24岁的林白水与老师高啸桐和林纾(琴南)应杭州知府林启的邀请，来杭州创办新学。林启也是福州人，很有维新头脑。在林白水等三人的筹划下，四所新学很快办起来。“立求是书院，综中西之学，以淑成人；立养正书垫，授童蒙经，兼导以欧洲普通之学；修东城讲舍，课经史策论，俾杭士通晓时务，以归本于道德……开蚕学馆于西湖，延东人蚕业之良者……以授学徒。”由于林白水等传播新学，团结了一大批思想先进、不满现实的青年，如孙翼中、许寿裳、马叙伦等都是这些学堂的学生。但那些封建顽固派，却公开散布或向上密告林启纵容包庇高啸桐、林白水等“党人以新学惑众”，林启不仅不为所动，反而“州之利弊必得先生(指高啸桐、林白水师生)一言而罢行之”， “一切举废又唯先生之言是听。”
适在这个时候，杭州出了一件淫僧丑闻：圆通寺的几个淫僧恶棍，霸占民女，引良为娼，秽污佛地。林启讯得其实，严惩了这批坏人．有一个欧西人见圆通寺房舍华美，想以借居为名，实行霸占。他通过其驻华使节威逼北京总理外国事务衙门压制林启交寺。林启在高啸桐，林白水师生的支持下，公开向人民表示：“夺彼教以与彼族．何以对杭人！吾官可罢，此寺不可与西人!”他决定将圆通寺充作养正书塾校舍。林白水和林纾十分钦佩林启的气节，称赞他是“儒林循吏，跨烈青史”。
此外，求是书院的学生后为教习的孙翼中，曾以《罪辫文》为题，指导学生作反满文章，为人告发列巡抚衙门，几乎酿成了文字狱。幸好林白水恳请林启从中掩护、疏通，方免遭祸害。而孙翼中也远走日本，另办《浙江潮》杂志，鼓吹革命，在留学生中影响很大。
光绪二十八年一月(1902年2月)，林白水趁回福州过年假的机会，与表兄黄翼云、表弟黄展云，以及革命志士方声涛、郑权等共同戗办了全省第一所新学——福州蒙学堂。学堂设一特班，专收二十岁上下的青年入学：设二个小学班，招收十五岁以下的儿童。学校既注重汉学，更注意西学，并组织秘密团体“励志社”，发展社员，传阅《扬州十日记》、《嘉定三屠记》、《满清秘史》等禁书。林白水还常向学生演说，或说明国家形势和救国途径，或灌输歇美政治思想和科学知识。在林白水等教师的影响下，不少学生下定了“驱逐鞑虏，还我河山”的决心，参加了后来的黄花岗起义和辛亥革命。如黄花岗72烈士的陈与桑、陈更新、陈可钧和该役生还义士严骥等都是。
林白水从福州回到杭州，又来到上海，与蔡元培、章炳麟等发起组织中国教育会，创办爱国女学社和爱国学社，公开提出以“共和和教育”与清廷的“奴化教育”相对抗。中国教育会和两个学社的大部份师生后来都成了辛亥革命的骨干。
林白水一生主要过着办报的生涯。如果以辛亥革命为界线，可分为前后两个时期：前期鼓吹反满，建立共和；后期反对军阀，提倡民主。
光绪二十七年五月(1901年6月)杭州名士项藻馨刨办了《杭州白话报》，请林白水出主笔政。这张报纸“以鼓吹新政为主，执笔者颇负时誉”。林白水与孙翼中等在报上热衷鼓吹新政，极力提倡社会改革，宣传禁烟、破除迷信和缠足妇女放脚等，在当地影响很大，每期发行七八百份。林白水和求是书院、蚕学馆的学生还集资订阅了二十多份分送给杭州庆春门外的茶馆酒肆，免费供人阅读。全国第一个“女子放足会”就是在它的影响下在杭州成立的。林白水在《杭州白话报》主持了两年的笔政，深刻地体验到宣传舆论工作的重要和用白话文办报的作用，这为他终生的办报事业打下了良好的基础。
林白水参与《杭州的白话报》活动时还只是一个热心的稍有反满反封建意识的改良主义者。但到了光绪二十八年三月(1902年4月)在上海与蔡元培、章炳麟等创办《学生世界》和二十九年十一月(1903年12月)与蔡元培合办《俄事警闻》时，他已经成了一个革命的民主主义者了。在《学生世界》上，他发表文章“鼓吹反清革命，言论尤为激烈”。在从事《俄事警闻》主笔之前，林白水曾于二十九年(1903年)春季东渡日本留学，参加了中国留学生的爱国拒俄和排满拒俄活动，并加入了革命团体“军国民教育会”。这年夏天，他接受了“军国民教育会”的派遣，回上海参加革命的鼓吹工作。在《俄事警闻》创刊四天后，他独立创办的《中国自话报》也于12月19日在上海诞生了。在这两张报纸和后来由《俄事警闻》改版的《警钟日报》上，林白水发表了一系列激进的反满反帝的文章，有的文章甚至接受某些马克思主义的无产阶级革命的观点。 如在《俄事警闻》创刊号的发刊词里，他以东三省为例，直截明确地提出“中国危险得很”的警告。他说：“在帝俄侵略之下，现在东三省的兄弟这样受苦，这样可怜，将来瓜分的时候，我们全国老百姓都要做东三省的人民呢……”
在光绪二十九年十一月二十三日（1904年1月10日）的《俄事管闻》上，林白水发表“社说”《告小工》，号召“工人们联合起来做主人翁”。他说：“西洋的小工，常常结起队来，和有本钱的人闹……把自己一流人都联合起来，不值一国里联合，连国外的也联台。有一个会叫万国劳动同盟，里面的人不知有多少呢……如今西洋各国，无论什么厉害的皇帝和做官的，什么样有钱的人，都为这一件事日夜劳心，想不出对付的法子。恐怕不久就要把西洋各国的土地和本钱、机器，都要归工人的主人翁了。”
林白水精心经营《中国自语报》，他倾其全力宣传民主，反对专制，鼓吹共和革命．甚至公开放胆地激励民众用暴力推翻清廷皇帝。他说：“皇帝的权力本来是我们给他的，倘若他一旦弄了弊，我们便撵他去，把一切权收回来，再换一个公公正正的人办事。”又说：“如今我们中国的生计这样艰难，与其饿着肚皮做道学先生，倒不如大家学着法国人，冒点险，冲开天罗，打破地网，大家把中国弄好。”法兰西三次革命，也是因为昏君在上，国里民不聊生。”“我们可以利用民心，颠覆满族，推翻政府，以直达于建国之途径。”
到了光绪三十年(1904年)，林白水出任《警钟日报》主编，更在报上宣扬孙中山及其领导的革命，称孙中山是“粤党之魁杰，西学之巨擘”，孙中山也引林白水为亲密同志，在日本与之相遇时，书写了“博爱”大字为赠(此件现藏省博物馆)。
当时的军国民教育会等革命组织规定从“鼓吹、起义、暗杀”三种途径开展革命活动。因此林白水在报纸上大力鼓吹暗杀，写出了《刺客论》(也称《论刺客的教育》)等影响极大的著名文章。光绪三十一年八月(1905年9月)，因在北京暗杀清廷出洋考察宪政的五大臣而壮烈牺牲的烈士吴樾，在给妻子的绝命书里谈到，他是读了林白水的《蒯客论》后“始知革命当从暗杀入手”，才不惜牺牲个人身家生命铤而走险的。林白水不仅努力鼓吹暗杀，而且身体力行地直接参加了暗杀清廷反动官吏的活动。光绪三十年十月十三日(1904年II月19日)，他与革命志士万福华共赴上海四马路金谷番莱馆枪杀勾结法国、俄国等帝国主义势力的前广西巡抚王之春就是一例。这次暗杀失败后，“由蔡元培和一些人商量，将暗杀团规章加以修改，并把它改组扩大，定名为光复会”。林白水即成了光复会的早期会员之一。所以当时有所谓“光复会成立之日，正万福华枪击王之春之时也”的说法。
辛亥革命武昌起义胜利，全国各省纷起响应．福建亦宣告独立，林白水回闽，出任福建都督府政务院法制局局长和共和党福建支部长。1913年初，被选为国会众议会议员，到京赴任．袁世凯慕他的名声和文才，也为了拢络革命党人，聘他为总统府秘书兼直隶省督军署秘书长．19 14年1月10日，袁世凯解散国会，宣传停止参、众议员职务。林白水又回到福建，当了一名有名无实的军务善后帮办，不久辞职。1915年再次入京。此时袁世凯正阴谋称帝，林白水的好友刘师培是“筹安会”六君子之一；另两个友人薛大可、梁鸿志也是帝制活动的积极分子。在这些朋友的怂恿、鼓动之下，林白水也随声附和，撰表劝进，成了帝制派．10月他被袁世凯委任为参政院参政。1913年3月，在全国人民声讨的怒涛中，袁世凯当了八十三天的皇帝后被迫取消帝制，6月死去。之后，段祺瑞上台，国会复会，议员复职，但林白水辞去议员职务，从此不愿做官，重操新闻牖业。他与安福系的王士澂、黄秋岳、梁鸿志等人创办了《公言报》，由他任主笔，为段祺瑞的“武力统一”政策服务。直到1920年在直皖战争中皖系失败，段祺瑞下野，《公言报》也停刊了。在这一段时间里，1919年2月，南北和平会议在上海举行，林白水为配合北京政府的活动，在上海创办了《平和日刊》，但也随着和平会议的破裂，5月阀即行停刊。
经过辛亥革命到1920年的十年迷惘、动摇之后，林白水逐渐看清了军阀的本质，开始走离歧途，重振雄风，向军阀开战。1921年春，林白水与胡政之在北京创办了《新社会报》，由他任社长，宣布该报要“树改造报业之风声，作革新社会之前马”。果然，他在该报发表的许多揭露军阀黑幕丑闻，使当权者坐立不安。1922年2月10日，《新社会报》披露了军阀吴佩孚搬运飞机炸弹备战和盐余公债的内幕被北京警察厅勒令停刊三个月，林白水也被捕入狱。他出狱后予5月1日复刊，把《新社会报》改为《社会日报》；1923年10月，林白水又在该报多次撰文揭露曹锟贿选总统、议员受贿投票等的丑闻，报社又被北洋军阀政府封闭，林白水又被拘禁三个多月。
对于有着革命倾向和民主行动的冯玉祥等的军队，林白水持着与对待曹锟、吴佩孚完全相反的态度——欢迎、赞扬，支持的态度．1924年9月，冯玉祥趁第二次直奉战争爆发之机，率领国民军回师北京发动政变，采取了监禁总统曹锟、将清朝废帝溥仪逐出故宫、邀请孙中山先生北上等深受人民欢迎的革命行动。林白水在《社会日报》上连续著文表示欢迎和肯定。到了1926年4月，由于奉鲁军阎在帝国主义支持下进攻国民军，国民军被迫撤离北京。林白水仍然以热情的口吻，赞颂的文笔报道有关国民军的各项消息。这些报道大大触犯了奉鲁军阀，种下了他日后杀身的祸害。
经过这几年对北京政坛更迭和军阀混战的观察，林白水对中国政局与军阀的关系有了更加深刻的认识。他在《社会日报》上连续撰文抨击军阀说：“军阀既成阀，多半不利乎民，有害于国。”还说：“凡有天良的记者，应该替老百姓说话，哪有去媚献军阀的道理？”他揭露反动军阉勾结帝国主义，以“讨赤”为名，行向人民反攻倒算之实．他说：“时至今日，若犹以讨赤为言，兵连祸结，则赤党之洪水猛兽未见，而不赤之洪水猛兽先来。”对于这些掷地有声的公正言论，他早已意识到有“招祸之嫌”，但仍义无反顾地公开发表．他正气凛然地说：“世间还有公道，读报的还能辨别黑白是非，我就是因为文字贾祸，也很值得”。
奉鲁军阀张宗昌统治北京后，疯狂镇压爱国运动，严密钳制舆论，对“立言稍不如其意者，必扑杀之而后快。”果然张宗昌的反动刺刀很快就指向林白水和《社会日报》了。
1926年8月5日，《社会日报》刊登了林白水撰写的《官僚之运气》，文章揭露了张宗昌和他的赌友、一心想当财政总长的潘复的互相勾结。狼狈为奸的丑闻，讽喻他们的关系是“肾囊之子睾丸”。张宗昌见文恼羞成怒，当晚即令宪兵逮捕林白水，并判以所谓“通敌”的罪名，于翌日清晨4时许押列天桥杀害了。临刑，林自水态度自若，挥笔写了遗书说：“我生平不作亏心事，天必佑我家也”时年五十三岁。
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